Alguns colaboradores migram de unidades ao longo do ano. Nesse cenário como fica o IR deles? Preciso subir cada IR em cada empresa que ele trabalhou?

A necessidade de enviar o informe varia conforme a situação do colaborador. Se ele foi migrado utilizando a funcionalidade da Convenia, não é necessário enviá-lo separadamente. Uma alternativa é consolidar todos os informes desse colaborador em um único arquivo, que pode ser enviado ao seu perfil ativo. Vale ressaltar que, mesmo que os informes pertençam a empresas diferentes, o que será considerado para a importação é o CPF do colaborador. Se desejar, também é possível importar os mesmos arquivos para as empresas nas quais ele está desligado - se for o caso -, sem qualquer objeção.