Uso apenas um documento de IR para 5 empresas, posso subir apenas uma vez em uma unidade matriz apenas? Subirá para todos so colaboradores?

Não. Nesse caso, o sistema conseguirá identificar apenas os colaboradores que foram admitidos nesta empresa em particular, utilizando o CPF como referência. Vale destacar que este PDF precisa ser importado em todas as empresas, pois assim os colaboradores serão corretamente reconhecidos em suas respectivas empresas de origem através do CPF.